满城尽带黄金甲讲述了：
五代十国时期，某小国的王（周润发饰）胜仗归来，王后（巩俐饰）、太子元祥（刘烨饰）和三王子元成（秦俊杰饰）匆忙装扮，准备迎接王师，不料却被信使告知王和二王子元杰（周杰伦饰）要在郊外驿站修整一夜再归来。在驿站内，王和元杰过招，元杰武功不敌，败下阵来，王借此机会敲打元杰，不要有对王位的非分之想。
王师回京后，王为王后准备中药，此药需每天按时按点喝下，王后服药已久，但健康却每况愈下。王后与太子偷情，软弱的太子一面无法抗拒王后的威逼利诱，一面又与宫女蒋太医（倪大红饰）之女蒋婵（李曼饰）有私。王后经过调查，不仅发现自己服用的药中含有慢性毒药草乌头，还发现自己拜托调查的神秘侠客就是王的原配妻子（陈瑾饰）。原来当年王为了篡位，在原配夫人生下太子元祥后就密谋杀死原配，迎娶了还是后梁公主的当今王后，不料原配夫人没死，和蒋太医结婚生下了蒋婵。思念儿子的蒋夫人离宫前偷偷去探望太子，却被太子当做刺客捉拿送到王的面前。王为了掩盖曾经做过的事情，赐蒋太医刺史一职，将他们全家赶出京。
王后为了报复王对自己的下毒戕害，决定指使自己的亲生儿子元杰在重阳节上拥兵谋反。太子知道王后的计划后吓得挥剑自残。另一边，蒋太医一家在履职路上中了王的埋伏，蒋婵先行一步趁夜回宫，蒋夫人在蒋太医的掩护下杀出重围，蒋太医则死于刺客的刀下。
重阳宴上，王、王后、太子和元成四人行重阳的祭礼，而元杰则私下调走禁军，率派军进入皇宫。蒋婵和蒋夫人进入皇宫与王对峙，王后说出蒋婵和太子是同母异父兄妹的事实，两人因陷入乱伦而疯癫，蒋婵疯跑出皇宫被刺客杀死，蒋夫人亦被杀。重阳宴前，元成因不满父亲的偏心与母亲的乱伦，持剑刺死了太子，并带着小队人马意图逼宫篡位，被王的刺客剿灭，而元成本人也被王用腰带抽死。
皇宫外，元杰带着叛军杀入皇宫。由于太子早就将王后与元杰谋反的事情告知了王，王在皇宫内提前安排了埋伏。双方进入激烈战斗，最终元杰和叛军因兵力不足，被王的军队消灭，元杰被抓，其余叛军的头目被斩首。
重阳节到，宦官们将血流成河、尸首成山的皇宫清扫了一番，烟花升空，文武百官入宫朝贺，气氛一片祥和。王以太子之位为要挟元杰每日侍奉王后吃下毒药，元杰不忍，挥刀自刎。王后悲怮不已，将药打翻，黑色的药泼洒在金色的雕饰上，留下了一道道腐蚀的痕迹。
