鱼类的呼吸依赖于它们的鳃。鳃是一种用于呼吸的器官，位于鱼的侧面，通常是一对。鱼通过鳃将水从口中吸入，然后将水从鳃腔中流出。在这个过程中，鳃上的血管将氧气从水中摄取并传递给身体各部位，同时将二氧化碳排出。这种呼吸机制被称为水生呼吸，因为它依赖于水中的氧气来维持鱼类的生命活动。
鱼类可以在水中呼吸，吸取溶解在水中的氧气，但它们不能直接吸取空气里的氧气，因为鱼类的呼吸器官是鳃。
鱼类的鳃生在头部，一般都由鳃盖覆盖（鲨、鳐类例外）。鳃由梳子一样紧密排列的鳃丝组成，鳃丝两侧排列着突起的鳃小片，鳃小片上密布着微血管。因此，鱼类的鳃一般都显红色，这就是鳃小片上微血管的颜色。人们可以从鳃的鲜艳程度，来判定鱼是否新鲜。当水通过鳃丝时，鳃小片上的微血管摄取水中溶解的氧气，同时把体内的废气棗二氧化碳排出。因此，水从鳃裂流过，鱼就可以不断地进行呼吸。平时，我们看到鱼在水里不断地把口张开，以为鱼在吃东西，其实，鱼吃食物是和呼吸同时进行的，水和食物一起进入口中，而水从鳃孔流出，食物却被鳃耙挡住咽入消化器官。
如果鱼离开了水，那末鳃丝会因失水而干燥，互相粘结，就好像一支在水中笔毛松散的毛笔，离开水后互相粘结一样。鳃丝互相粘结，破坏了进行气体交换的功能，鱼类就会因窒息而死亡。人们还发现，鳃孔越大的鱼，离水后往往也死得越快。
鱼类呼吸的次数，因鱼的种类不同而有很大的差别。隆头鱼和岩鳕一分钟约12～13次；刺鱼可达150次。澳洲肺鱼在冷天每分钟平均呼吸12次，但到天暖时，可达31次。若水中的氧不足时，鱼的呼吸次数就会增加，渐趋喘息。其他因素如剧烈活动。非常饥饿和受惊等，也能引起呼吸次数的增加。
鱼类的这种特殊呼吸器官，引起了科学家的极大兴趣，有人设想在人体上移植一种鱼鳃般的器官，使其成为“两栖人”，到那时，人类就既可以在陆上安居，又能到海中生活，自由自在地邀游世界了。
