1、系统故障
科学家们到目前为止还不能解释这些鲸鱼为什么会“搁浅”，但大多数解释都与其体内的回声定位系统有关，其实鲸鱼并不依靠眼睛来导航、测物和捕食，而是拥有一种高灵敏度的回声测距本领，内脏不适、寄生虫或者系统本身的原因，都可能使回声定位系统出现故障，让鲸鱼迷失方向、四处乱窜。
2、地形原因
对于鲸鱼为什么会搁浅也有科学家认为，当鲸鱼为了捕食随水势误入地形平缓的水域，一旦退潮会造成搁浅，而当它们为了追食鱼群而游进海湾，向着有较大斜坡的海滩发射超声波时，回声往往误差很大，甚至完全接受不到回声，也会因此迷失方向。鲸鱼是恋群动物，如果有一条鲸鱼冲进海滩搁浅，其余的就会奋不顾身地跟随上去，造成群死群伤的悲剧。
3、环境污染
环境污染也被环保主义者和科学家认为是鲸鱼搁浅的原因，科学家们认为那些污染海水的化学物质可能扰乱了鲸鱼的感觉。此外，法国拉罗谢尔海洋哺乳类动物研究中心副主任科列德博士认为，军舰声呐和回声控测仪所发出的声波及水下爆炸的噪音，会使鲸鱼的回声定位系统发生紊乱。
鲸鱼明明是用肺呼吸，搁浅之后为什么会死亡?
1、鲸鱼是生活在海里的大型哺乳类动物，它跟人类一样，是用肺在呼吸。但是奇怪的是，它却一步也不能离开海洋，不像海狗、海豹，虽然也是生活在水里，可是却时常上岸，尤其在繁殖期，更是成群聚集在陆地上。
鲸鱼不能上岸，原来根它笨重的体积有关。它的肋骨、胸骨都非常脆弱，胸腔壁也很柔软，而腹腔又没有骨骼支撑。所以当它在水里生活时，由於水的浮力大，它就不会有任何不舒适或不方便的情形。可是，一旦当它被放在陆地上时，由於身体巨大的重量，脆弱的骨骼时在没办法支撑重压，於是胸腔和腹腔、肺和心以及其他的内脏，便会受到严重压迫，导致呼吸、血液循环发生极大的困难和障碍。
因此，可怜的鲸鱼如果上岸，它在很短的时间内就会窒息而死亡。
2、因为鲸的身体需要一定的盐分和水分来保持生理机能的平衡，一旦离开水面，身体的各个部分，尤其是皮肤，当然就失去了湿润，也就“渴”死了。
3、由于没有水降温，鲸鱼的体温会升高，导致死亡。
4、长时间搁浅，鲸鱼缺乏食物导致饥饿;再加上皮肤被阳光暴晒后发生龟裂，受伤以致发炎。所以鲸鱼搁浅容易死亡。
5、鲸鱼不是可以呼吸就能维持生命,也不是说皮肤干裂死亡。事实上鲸鱼之所以会搁浅主要是因为：军事的超高频率声纳探测仪器对在一定的海域内对此所有鲸鱼的磁场感应区造成毁灭性的损伤,这部门器官是鲸鱼大脑组织。所以鲸鱼会冲上沙滩搁浅、所以很多解剖以后都没有什么特别的发现，实际上是死于脑部的功能坏死。
其实现在每个比较常搁浅鲸鱼的地方都有环保人士守候着，一旦发现有鲸鱼搁浅都经历让他们重返大海,但是遗憾的是这种方法却还没有成功的例子，因为送他们回去以后马上又从新搁浅因为他们大脑已经损伤了。
