牡丹根系比较发达,有很多深根形的肉质的主根和侧根。初生根始为白色,渐变为黄色至褐色,肉质白色,个别红色,肉质中心木质化,俗称“木心”。肉质部储有大量养分和水分供植株生长,一般来说,根深的植株枝叶茂盛,植株较高,根浅则枝短株型矮。