(1)明确了保密工作部门在计算机信息系统中的管理职责。即：国家保密局主管全国计算机信息系统的保密工作。各级保密工作部门和中央、国家机关保密工作机构主管本地区、本部门的计算机信息系统的保密工作。
(2)对涉密计算机信息系统的规划、研制、建设、联网做出了若干保密规定。其中有：
规划建设计算机信息系统，应当同步规划落实相应保密设施；计算机信息系统的研制、安装和使用，必须符合保密要求；计算机信息系统应当采取有效的保密措施，配置合格的专用设备，防泄密、防窃密。所采取的保密措施应与所处理信息的密级要求相一致；计算机信息系统联网应当采取系统访问控制、数据保护和系统安全保密监控管理等技术措施；计算机信息系统的访问应当按照权限控制，不得进行越权操作，采取技术安全保密措施的数据库不得联网。
(3)对涉密信息的存储、处理、传递、密级标志等作了规定。其中有：涉密信息和数据必须按照保密规定进行采集、存储、处理、传递、使用和销毁；计算机信息系统存储、处理、传递、输出的涉密信息要有相应的密级标志，密级标志不能与正文分离；国家秘密不得在与因特网联网的计算机上存储、处理和传递。
(4)对涉密载体的使用、管理、维修、销毁等做出规定。载体通常指存储涉密信息的介质，包括磁盘、光盘等载体。其规定有：存储国家秘密的载体，应按所存储信息的最高密级标明密级，并按相应密级文件进行管理。存储在计算机信息系统内的信息应当采取保护措施；存储过国家秘密信息的载体不能降低密级使用。不再使用的载体应及时销毁；存储过国家秘密信息的计算机载体的维修应保证所存储的国家秘密信息不被泄露；计算机信息系统打印输出的涉密文件，应当按相应密级的文件进行管理。
(5)对涉密信息系统的环境提出要求。处理涉密信息的场所应当按照国家有关规定，与境外机构驻地、人员住所保持相应的安全距离；处理涉密信息的场所应当根据涉密程度和有关规定设立控制区，未经管理机关批准无关人员不得进入；处理涉密信息场所应当定期或者根据需要进行保密技术检查；计算机信息系统应采取相应的防电磁信息泄漏的保密措施；计算机信息系统的其他物理安全要求应符合国家有关保密标准。
(6)对系统管理的责任制、管理制度、人员、技术检查等做出了规定。计算机信息系统的保密管理应实行领导负责制，由使用计算机信息的机关、单位的主管领导负责本单位的计算机信息系统的保密工作，并指定有关机构和人员具体承办。各单位的保密工作机构协助本单位的领导对计算机信息系统的保密工作进行指导、协调、监督和检查；计算机信息系统的使用单位应根据系统所处理的信息涉密等级和重要性制订相应的管理制度；各级保密工作部门应依照有关法规和标准对本地区的计算机信息系统进行保密技术检查；计算机信息系统安全保密管理人员应经过严格审查，定期进行考核，并保持相对稳定；各单位保密工作机构应对计算机信息系统的工作人员进行上岗前的保密培训，并定期进行保密教育和检查；任何单位和个人发现计算机信息系统泄密后，应及时采取补救措施，并按有关规定及时向上级报告。
(7)对在计算机信息系统保密工作中做出显著成绩或违反规定、泄露国家秘密的行为，做出了奖惩的规定。
