《月出沧海》主要讲述的是凌不疑的复仇线以及程少商的宫廷故事的为主，故事线在五年以后，这也是全书中最虐的部分了。
在这里要提一下凌不疑的身世，在原著中，凌不疑表面上是凌家的儿子，实际上是他是霍家的儿子，当年，霍家追随的人通敌卖国，害死了霍家全家，是他现在的母亲，也就是他的姑姑救了他。
姑姑用自己的儿子交换了凌不疑的生命，隐瞒了他的身份，把他当成自己的儿子一样抚养。凌不疑长大后知道了自己的身份，决心为自己家人的死报仇。
于是他设计用错误的方法杀死了仇人，也受到了皇帝的惩罚，不仅使他解除了婚约，还把他送到了边疆。复仇中途，他抛弃了程少商，伤了程少商的心，两人的感情也走到了尽头。
后来皇后临死前，为了给两人创造机会，要求皇帝会见凌不疑。然而，此时的程少商已经订婚，但在凌不疑的搅局下，程少商又退了婚，本来就深情的两人，在意识到彼此的深情后，又走到了一起。
他们一起识破了谋反一派的阴谋，救了太子殿下一命，避免了朝廷的动荡，两个人也终于有了一个幸福的结局。
