扬州主城区有三个站:扬州汽车客运站(也叫西站,在邗江区文昌西路)、扬州汽车客运东站(广陵区运河东路)、江都汽车客运站(江都区长江东路)。三个站都有大巴车去南京的,哪个离你近就去哪个。路程上看扬州西站到南京最近。