1、意思不同
汽车总站是指组织公路客、货运输业务的基层单位。有汽车运输企业组建和地方交通部门组建的两种。
客运站是指专门办理客运业务的车站。一般设在政治、经济，文化中心等有大量旅客到发的城市，其主要用途是组织旅客安全乘降和迅速集散。
2、作用不同
客运总站主要有站房，站前广场和站场三部分组成，它们各有不同的作用，但在布局上是一个不可分割的整体就是某城市对周边城市的客车运输干线集中营。
汽车客运站是专门办理旅客运输业务的汽车站，一般设在公路旅客集散点，其规模大小视当地的客运量而定。中国把汽车客运站分为三等。省辖市及港口、铁路枢纽一般设一等站；县、市人民政府驻地一般设二等站；乡政府驻地或较大集镇设三等站。客运站的主要工作分商务和车务两大部分。
汽车总站一般是指发送长途旅客的大型汽车站，客运站范围比较广，包括汽车，公交车和客运的火车站，地铁客运站等，一般客运站除了火车客运站外，汽车等客运站都是在市区内运营的，例如公交客运站，地铁客运站等都是在市区内运行的，客运总站一般都是发往外地的长途客车。
汽车总站一般是指某几个方向或某些线路的集中到发地点，客运站仅指一般的停靠站点。
