火车退票扣手续费的钱是会直接原路返回的。也就是说乘客如果最初购买火车票的时候使用的是银行卡支付的，那么在退票的时候，钱是会直接退还到支付的银行卡里面的。
如果是使用的是支付宝或微信支付的，那么钱就会直接退回到支付宝或微信。如果使用现金的，那么是需要到火车站的人工窗口领现金。
铁路12306已经收取的手续费不能退回。铁路12306售票系统，只有在乘客把自己购买的火车票，办理退票时（在发车前四十八内办理退票）才收取退票手续费，其他情况下，购买火车票，改签火车票都是免费，不收取车票票价款在外的任何费用。
火车票在四十八小时到二十四小时内退票，收取百分之十的退票手续费，在发车前二十四小时内退票，收取百分之二十的退票手续费。
