运行京九铁路全线的列车在这条线上只有一个车次，上行一个双数车次，下行一个单数车次，比如深圳开往北京西的D728次列车，从北京西开往深圳的车次是D727，中途不会变换车次，因为同一条线路是把上下行方向划分好了的，往北京是上行，远离北京是下行。
京九铁路的列车共有两个车次，按照中国铁路总公司车辆部及总调度室的相关规定，京九铁路线上运行的列车车次是按照上行和下行来编车次的，如从北京方向开出来列车车次是K157次，K289次，均为下行列车，最后一位数字必须是单数，相反方向开往北京方向的车次最后一位数字必须是双数，也就是上行列车。
