摩托车发动机主要有自然风冷、强制风冷、油冷、水冷和油/水共有这几种冷却方式。
自然风冷是用摩托车行驶时带风来冷却发动机，这种冷却方式结构最简单，重量也最轻，成本最低，但冷却效果较差，只适用于小排量发动机，而且噪音较大。
强制风冷多用于踏板车，由专用的风扇向发动机气缸等部位吹风来冷却发动机，主要是因为踏板车发动机包在里面，用自然风冷方式很难冷却发动机。
油冷和水冷以及油/水冷发动机多用于大排量高档高速高性能的发动机，体积重量相对大些，结构复杂，成本较高，但冷却方式好，可以长时间高速行驶而不至发动机温度过高，它们都用专用的冷却油缸或水箱及水泵、风扇等组件，通过机油或冷却液的循环来带走发动机的热量，然后再通过风冷使机油或冷却液降温，达到降低发动机温度的目的，这种冷却方式效果是最好的。
