539路公交车线路共经过以下站点：
和平大道三角路 、 和平大道三层楼 、 和平大道武昌文化宫 、 和平大道地铁积玉桥站 、 和平大道沙湖苑路 、 中山路解放路 、 解放路司门口 、 临江大道汉阳门 、 临江大道平湖门 、 临江大道音乐学院 、 张之洞路花堤街 、 张之洞路解放路 、 张之洞路人民医院 、 张之洞路复兴路 、 张之洞路首义路 、 张之洞路千家街 、 中山路武昌火车站 、 中山路栅栏口 、 白沙洲大道武泰闸 、 白沙洲大道江民路 、 白沙洲大道烽火村 、 白沙洲大道余家湾 、 白沙洲大道乔木湾 、 白沙洲大道八坦路 、 白沙洲大道张家湾 、 白沙洲大道青菱乡 、 白沙洲大道罗家村 、 白沙洲大道凌吴墩 、 白沙洲大道农产品市场 、 白沙洲大道青菱寺 、 白沙洲大道长江工商学院 、 黄家湖西路中医药大学 、 黄家湖西路石门 、 黄家湖西路黄家湖 、 黄家湖西路武科大
