高速堵车超时费用的计算方式因各地政策和管理规定而异，但一般是按照超时时间和超速行驶等因素来计算罚款的：
1. 超时时间：如果车辆在收费站出口前未及时离开高速公路，将会被认定为超时行驶。不同地区对超时时间有不同的规定，一般来说，超过15分钟或30分钟都是超时行驶，具体情况需要根据当地的管理规定来确定。
2. 罚款标准：一般来说，高速堵车超时的罚款标准与超速行驶的罚款标准类似，可以根据超时时间和超速情况来计算，一般按照每小时20元左右的标准来计算。如果同时存在超速和超时行驶的情况，罚款金额将更高。
需要注意的是，由于超时行驶是违反了高速公路的交通规则，因此在被收取超时费用之外，还可能面临罚款和扣除驾驶证分数等处罚。因此，遇到高速堵车时，及时调整路线或停车等待是比冒险超时更可取的选择。
