很简单，通过路口时路口根据导向箭头指示选择相应的车道行驶。咱来缕缕法条就明白了。
《中华人民共和国道路交通安全法》第三十六条 根据道路条件和通行需要，道路划分为机动车道、非机动车道和人行道的，机动车、非机动车、行人实行分道通行。没有划分机动车道、非机动车道和人行道的，机动车在道路中间通行，非机动车和行人在道路两侧通行。
此条明确了摩托车作为机动车应在机动车道内行驶。
《中华人民共和国道路交通安全法》第三十七条 道路划设专用车道的，在专用车道内，只准许规定的车辆通行，其他车辆不得进入专用车道内行驶。
此条说明了如果道路最右侧是公交车道或者其他专用车道的话，摩托车得在专用车道左边那条行驶，不能占用专用车道。
《中华人民共和国道路交通安全法》第三十八条 车辆、行人应当按照交通信号通行；遇有交通警察现场指挥时，应当按照交通警察的指挥通行；在没有交通信号的道路上，应当在确保安全、畅通的原则下通行。
科目一考试内容，交通信号包括（交通信号灯）（交通标志，交通标线）（交通警察的指挥）。
《中华人民共和国道路交通安全法》第四十四条 机动车通过交叉路口，应当按照交通信号灯、交通标志、交通标线或者交通警察的指挥通过；通过没有交通信号灯、交通标志、交通标线或者交通警察指挥的交叉路口时，应当减速慢行，并让行人和优先通行的车辆先行。
此条明确了所以作为机动车的摩托车通过路口要按照车道导向箭头行驶，左转的去左转车道，右转的去右转车道，直行的待在直行车道。
《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第四十四条 在道路同方向划有2条以上机动车道的，左侧为快速车道，右侧为慢速车道。在快速车道行驶的机动车应当按照快速车道规定的速度行驶，未达到快速车道规定的行驶速度的，应当在慢速车道行驶。摩托车应当在最右侧车道行驶。有交通标志标明行驶速度的，按照标明的行驶速度行驶。慢速车道内的机动车超越前车时，可以借用快速车道行驶。 在道路同方向划有2条以上机动车道的，变更车道的机动车不得影响相关车道内行驶的机动车的正常行驶。
很多人会拿这条来反驳，但是别忘了上下位法的关系，而且这条中也没说是在“通过路口时”。这条对摩托车通过路口时的影响最多也就是有两条及两条以上的左转车道的话要在右边那条通过，直行及右转同理。再就是很多同向只有两条机动车道的道路最右侧车道是右转直行合并车道，摩托车要直行的话也要在这条车道等红灯，所以后面右转车也别按喇叭催了。
《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第一条 根据《中华人民共和国道路交通安全法》(以下简称道路交通安全法)的规定，制定本条例。
你看，谁是上位法谁是下位法很明确嘛。
《北京市实施<中华人民共和国道路交通安全法>办法》第一条 为了实施《中华人民共和国道路交通安全法》和《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》，结合本市实际情况，制定本办法。
《山东省实施<中华人民共和国道路交通安全法>办法》第一条 根据《中华人民共和国道路交通安全法》、《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》和其他有关法律、法规，结合本省实际，制定本办法。
以北京和山东举例，各地地方办法也都有很明确的上下位法关系。
《北京市实施<中华人民共和国道路交通安全法>办法》第三十四条 车辆、行人应当各行其道，并遵守下列规定：
(一)在同方向划有二条以上机动车道的道路上，货运汽车、摩托车、拖拉机、低速载货汽车、三轮汽车、轮式自行机械，在慢速车道行驶；大客车不得在快速车道行驶，但超越前方车辆时除外；
(二)在设有主路、辅路的道路上，拖拉机、低速载货汽车、三轮汽车、轮式自行机械和摩托车，只准在辅路行驶；
(三)实习期内的驾驶人驾驶机动车，不得在快速车道行驶；
(四)行人遇人行道有障碍无法正常通行而借用车行道通行时，车辆应当避让借道通行的行人。
《山东省实施<中华人民共和国道路交通安全法>办法》第四十六 条在同方向划有二条以上机动车道的，载货汽车、低速载货汽车、三轮汽车、拖拉机、轮式专用机械车、摩托车应当在最右侧的机动车道通行。
在设有主路、辅路的道路上，低速载货汽车、三轮汽车、拖拉机、轮式专用机械车和摩托车应当在辅路通行。
专门用于场地竞赛的车辆不得上道路行驶。
还是以北京和山东举例，以上两条都提到了摩托车要走辅路，但是注意辅路并不是非机动车道！辅路并不是非机动车道！辅路并不是非机动车道！
高架桥下面的叫辅路，一般道路可能没有辅路，没有辅路摩托车就只能在机动车道行驶。非机动车道除特殊情况专供非机动车行驶。
当然，也有摩托车需要在非机动车道行驶的路段，根据上面提到的《中华人民共和国道路交通安全法》第三十八条，路口有类似下图的交通标志牌摩托车才需要去非机动车道行驶。
