综合计算工时工作制是建立在标准工时制度的基础上，从本质上来说，综合计算工时工作制的员工还是按照工作时间的付出来获取劳动报酬的，只是对于工作时间统筹安排相较于标准工时制有一定的灵活性。既然，综合计算工时工作制还是以计时为主的工作制，应当如何来规范计算员工的工作时间呢？
1.明确综合计算工时的周期。
根据现行的制度规定，企业经劳动行政部门批准的，方可实行综合计算工时工作制；劳动行政部门在批准同意企业实行综合计算工时工作制时，会同时明确批准同意的计算工时的周期，比如按周、月、季度、半年、年为周期。一般而言，批准的周期越长，企业可以统筹调控空间就越大，企业灵活调度的优势越明显。
2.规范计算周期内的工时。
明确了计算工时周期后，要规范计算周期内的工时管理。
首先，要明确周期内最高工时限制；一般有两种方式：①按照平均最高工时来确定。比如原劳动部的文件中曾规定季度最高工作时间为508小时，超过该工作时间数的视为加班；按照20.83×8×3=499.92小时，季度最高工作时间为499.92小时。②按照实际该周期的最高工作时间来确定。比如按照标准工时制度，某季度的工作天数为67天，则该季度的最高工作时间应为67×8=536小时；每个季度的最高工时都不一样，取决于制度工作时间情况。
其次，要加强员工的工时计时和考勤管理，管理要求与计算标准和标准工时制一致。
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